We found a match
Your institution may have rights to this item. Sign in to continue.
- Title
MILK PRODUCTION AND REPRODUCTIVE TRAIT CAUSED BY LOC514211 GENE MUTATION IN DAIRY COWS.
- Authors
Anggraeni, A. S.; Kurnianto, E.; Johari, S.; Sutopo; Shujun, Z.
- Abstract
SNP (rs 42688595) terletak di LOC514211, merupakan gen yang tidak terkarakterisasi dan terletak di kromosom 13 pada Bos taurus, memiliki efek yang signifikan terhadap produksi susu dan kualitas susu yang telah diidentifikasi dari sapi perah Cina dan Inggris menggunakan metode GWAS (Genome Wide Association Study) berdasarkan 60k SNP-Chip dalam penelitian sebelumnya. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkonfirmasi efek dari SNP di LOC514211 pada sifat produksi dalam populasi lain pada sapi perah Chinese Holstein. Empat ratus tujuh puluh sapi perah digunakan dalam penelitian ini, dilakukan ekstraksi genom DNA dari sampel darah, genotyping dilakukan dengan metode PCR-RFLP pada sampel DNA. Analisis statistik yang digunakan adalah ANOVA dengan menggunakan metode General Linear Model (GLM) SAS 9.13 untuk mengidentifikasi asosiasi SNP dengan susu dan sifatsifat reproduksi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa SNP pada LOC514211 bersifat polimorfik dalam kelompok sapi perah ini dan terdapat ketidakseimbangan Hukum Hardy-Weinberg, serta memiliki perbedaan yang signifikan antar genotipe dalam parameter produksi susu, kualitas susu dan sifat-sifat reproduksi, yang linier dengan hasil penelitian GWAS sebelumnya yang berbasis SNP-Chips. Kesimpulan dari penelitian ini menunjukkan bahwa SNP pada LOC514211 mempunyai kecenderungan berpotensi sebagai penanda bagi sifat-sifat produksi susu dan reproduksi. The SNP (rs 42688595) in LOC514211 is uncharacterized gene and located in chromosome 13 in Bos taurus, had significant effects on milk yield and milk quality that have been identified from Chinese and British dairy cows using GWAS (Genome-wide Association Study) based on 60k SNP-Chip in the previous study. The objective of this study was to confirm the effects of the SNP in LOC514211 on productive traits in another population of Chinese Holstein dairy cow. Four hundred and seventy dairy cows were use in this study, genomic DNA was extracted from the blood of dairy cow, PCR-RFLP was applied to genotype of these DNA samples. Analysis of Variance (ANOVA) was performed by the General Linear Model (GLM) procedure of SAS 9.13 to identify the association of SNP with milk and reproductive traits. Results showed that SNP in LOC514211 was polymorphic in this herd of dairy cow and was in Hardy-Weinberg disequilibrium, and had significant differences among genotype in milk yield, milk quality and reproductive traits, which were similar with the results of previous GWAS study based SNP-Chips. Inconclusion, indicated that this SNP in LOC514211 might be potential markers for both milk and reproductive traits.
- Subjects
MILK yield; DAIRY cattle; MILK quality; CHROMOSOMES; DNA; ANALYSIS of variance
- Publication
Journal of the Indonesian Tropical Animal Agriculture, 2015, Vol 40, Issue 4, p191
- ISSN
2087-8273
- Publication type
Article
- DOI
10.14710/jitaa.40.4.191-198