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- Title
Isolation of expressed sequences from a specific chromosome of Thinopyrum intermedium infected by BYDV.
- Authors
Shu-Mei Jiang; Wei-Bo Yin; Jun Hu; Rui Shi; Ruo-Nan Zhou; Yu-Hong Chen; Guang-He Zhou; Wang, Richard R.-C.; Li-Ying Song; Zan-Min Hu
- Abstract
To map important ESTs to specific chromosomes and (or) chromosomal regions is difficult in hexaploid wheat because of its large genome size and serious interference of homoeologous sequences. Large-scale EST sequencing and subsequent chromosome localization are both laborious and time-consuming. The wheat alien addition line TAi-27 contains a pair of chromosomes of Thinopyrum intermedium (Host) Barkworth & D.R. Dewey that carry the resistance gene against barley yellow dwarf virus. In this research, we developed a modified technique based on chromosome microdissection and hybridization-specific amplification to isolate expressed sequences from the alien chromosome of TAi-27 by hybridization between the DNA of the microdissected alien chromosome and cDNA of Th. intermedium infected by barley yellow dwarf virus. Twelve clones were selected, sequenced, and analyzed. Three of them were unknown genes without any hit in the GenBank database and the other nine were highly homologous with ESTs of wheat, barley, and (or) other plants in Gramineae induced by abiotic or biotic stress. The method used in this research to isolate expressed sequences from a specific chromosome has the following advantages: (i) the obtained expressed sequences are larger in size and have 3′ end information and (ii) the operation is less complicated. It would be an efficient improved method for genomics and functional genomics research of polyploid plants, especially for EST development and mapping. The obtained expressed sequence data are also informative in understanding the resistance genes on the alien chromosome of TAi-27. Il est difficile de situer des EST importants sur des chromosomes ou régions chromosomiques spécifiques chez le blé hexaploïde en raison de la grande taille de son génome et de sérieuses interférences causées par des séquences homéologues. Le séquençage d’EST à grande échelle et leur localisation chromosomique sont laborieux et prennent beaucoup de temps. La lignée d’addition chromosomique exotique TAi-27 contient une paire de chromosomes du Thinopyrum intermedium (Host) Barkworth & D.R. Dewey qui porte le gène de résistance contre le virus de la jaunisse nanisante de l’orge. Dans ce travail, les auteurs ont développé une technique modifiée basée sur la microdissection chromosomique et l’amplification spécifique des séquences hybridées (« hybridization specific amplification ») pour isoler des séquences exprimées à partir du chromosome exotique dans TAi-27. Un tel isolement est réalisé par hybridation entre l’ADN du chromosome exotique, obtenu par microdissection, et l’ADNc du T. intermedium infecté par le virus de la jaunisse nanisante de l’orge. Douze clones ont été sélectionnés, séquencés et analysés. Trois de ceux-ci correspondaient à des gènes inconnus (sans homologue dans GenBank) et les neuf autres présentaient une forte homologie avec des EST induits par des stress abiotiques ou biotiques chez le blé, l’orge ou d’autres espèces de graminées. La méthode employée dans ce travail pour isoler des séquences exprimées à partir d’un chromosome spécifique présente les avantages suivants : (i) les séquences exprimées obtenues sont de grande taille et fournissent de l’information sur l’extrémité 3′ et (ii) l’opération est moins compliquée. Il s’agirait d’une méthode améliorée efficace pour des travaux en génomique ou en génomique fonctionnelle chez les plantes polyploïdes, particulièrement pour le développement d’EST et la cartographie. Les données obtenues sur les séquences exprimées sont également utiles pour la compréhension des gènes de résistance situés sur le chromosome exotique présent chez TAi-27.
- Subjects
DEVELOPMENTAL biology; PLANT hybridization; CHROMOSOMES; PLANT clones; GENETIC research
- Publication
Genome, 2009, Vol 52, Issue 1, p68
- ISSN
0831-2796
- Publication type
Article
- DOI
10.1139/G08-108