We found a match
Your institution may have access to this item. Find your institution then sign in to continue.
- Title
Development of genomic microsatellite markers in Coffea canephora and their transferability to other coffee species.
- Authors
Poncet, Valérie; Dufour, Magali; Hamon, Perla; Hamon, Serge; De Kochko, Alexandre; Leroy, Thierry
- Abstract
Of the 103 accepted Coffea species, 70% are threatened with extinction but only a few of them have been studied. A set of 40 polymorphic microsatellite markers was developed using a GA/GT-enriched Coffea canephora genomic library. Amplification of these markers was tested in accessions of C. heterocalyx (a Critically Endangered species) and C. pseudozanguebariae (a Vulnerable species) belonging to different African geographical clades. All microsatellites were polymorphic in C. canephora, with a mean allele number per polymorphic locus of more than 3 (at least 9 genotypes were tested). Observed and expected heterozygosities calculated for C. canephora and C. pseudozanguebariae varied from 0.10 to 0.91 and from 0.20 to 0.77, respectively. In total, 38 primer pairs (95%) were amplified in C. heterocalyx and C. pseudozanguebariae, indicating their high level of transferability across the genus Coffea. This large marker set will be useful for more extensive genetic studies of threatened Coffea species. Soixante-dix pour cent des 103 espèces de Coffea actuellement identifiées sont menacées d’extinction, mais peu d’entre elles sont étudiées. Un jeu de 40 marqueurs microsatellites polymorphes a été développé en utilisant une banque génomique de Coffea canephora enrichie en GA/GT. L’amplification de ces marqueurs a été testée sur des accessions de C. heterocalyx (une espèce déclarée « Gravement Menacée ») et C. pseudozanguebariae (une espèce déclarée « Vulnérable »), appartenant à différents clades géographiques Africains. Tous les microsatellites sont polymorphes chez C. canephora, avec un nombre moyen d’allèles par locus de plus de 3 (sur un minimum de 9 génotypes testés). Les hétérozygoties observées et attendues, calculées pour les espèces C. canephora et C. pseudozanguebariae varient respectivement entre 0,10 et 0,91; et entre 0,20 et 0,77. Au total, 95 % des paires d’amorces ont permis une amplification chez C. heterocalyx et C. pseudozanguebariae, indiquant un fort taux de transfert au sein du genre Coffea. Ce large jeu de marqueurs sera utile pour des études génétiques approfondies des espèces menacées de Coffea.
- Subjects
COFFEE; MICROSATELLITE repeats; GENETIC markers; GENETIC polymorphisms; GENE amplification
- Publication
Genome, 2007, Vol 50, Issue 12, p1156
- ISSN
0831-2796
- Publication type
Article
- DOI
10.1139/G07-073