We found a match
Your institution may have access to this item. Find your institution then sign in to continue.
- Title
Characterization of Brassica nigra collections using simple sequence repeat markers reveals distinct groups associated with geographical location, and frequent mislabelling of species identity.
- Authors
Pradhan, Aneeta; Nelson, Matthew N.; Plummer, Julie A.; Cowling, Wallace A.; Yan, Guijun
- Abstract
Genetic diversity of 180 Brassica nigra (L.) Koch genotypes from 60 different accessions was evaluated using 15 simple sequence repeat markers with known locations on the Brassica A, B, and C genomes. Two lines each from Brassica juncea (L.) Czern and Brassica carinata Braun were also included as comparator species. A total of 218 high quality alleles were used to generate a genetic distance matrix, and clustering and multidimensional scaling analyses were used to investigate genetic relationships among the accessions. Accessions from the same country of origin tended to cluster together. Surprisingly, 13 accessions declared to be B. nigra had A- and B-genome alleles and morphology consistent with them being B. juncea, which was supported by their positioning near B. juncea in the cluster analysis. Two B. nigra accessions possessed alleles associated more closely with the A genome than the B genome, and these may be Brassica rapa L. accessions. One B. nigra accession had B- and C-genome alleles and morphology consistent with it being B. carinata. The remaining 44 accessions (73%) appeared to be truly B. nigra and formed morphologically and genetically distinct groups associated with country or region of origin, notably Ethiopia, Israel, India, and Europe. Most B. nigra accessions were highly heterozygous, consistent with their obligate outcrossing habit. This study demonstrated the value of using molecular markers with known genome locations (in this case, in the Brassica A, B, and C genomes) to confirm species identity in families such as Brassicaceae where species identification based solely on morphological characters is difficult. La diversité génétique au sein de 180 génotypes du Brassica nigra (L.) Koch appartenant à 60 accessions différentes a été évaluée au moyen de 15 marqueurs microsatellites de position connue au sein des génomes A, B et C. Deux lignées chacune du Brassica juncea (L.) Czern et du Brassica carinata Braun ont également été incluses pour fins de comparaison. Au total, 218 allèles de grande qualité ont été employés pour générer une matrice de distances génétiques et réaliser des analyses de groupement et d'échelonnement multidimensionnel afin d'examiner les relations génétiques entre les accessions. Les accessions provenant d'un même pays avaient tendance à appartenir à un même groupe. Étonnamment, 13 accessions identifiées comme appartenant à l'espèce B. nigra présentaient des allèles des génomes A et B ainsi qu'une morphologie suggérant plutôt qu'il s'agissait d'accessions du B. juncea; une relation qui était également supportée par leur proximité avec le B. juncea dans l'analyse de groupement. Deux accessions du B. nigra possédaient des allèles plus étroitement associées au génome A qu'au génome B, et ces accessions appartiennent peut-être au Brassica rapa L. Une accession du B. nigra avait des allèles des génomes B et C ainsi qu'une morphologie suggérant qu'il s'agissait d'une accession du B. carinata. Les 44 autres accessions (73 %) semblaient de véritables B. nigra et formaient des groupes distincts sur les plans morphologique et génétique reflétant leur pays ou région d'origine, notamment l'Éthiopie, Israël, l'Inde et l'Europe. La plupart des accessions du B. nigra étaient très hétérozygotes, conformément à leur allogamie stricte. Cette étude a montré l'intérêt d'employer des marqueurs moléculaires de position connue (dans ce cas les génomes A, B ou C) pour confirmer l'identité des espèces au sein de familles comme les brassicacées où l'identification des espèces sur la seule base de critères morphologiques est difficile.
- Subjects
MUSTARD; GENETIC markers; MICROSATELLITE repeats; PLANT genetics; BIOLOGICAL variation; PLANT germplasm; MULTIDIMENSIONAL scaling
- Publication
Genome, 2011, Vol 54, Issue 1, p50
- ISSN
0831-2796
- Publication type
Article