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- Title
Application of denaturing high-performance liquid chromatography for mapping of single nucleotide polymorphisms in barley (Hordeum vulgare L.).
- Authors
Kota, Raja; Wolf, Markus; Michalek, Wolfgang; Graner, Andreas
- Abstract
Recent advances in DNA sequence analysis and the establishment of high-throughput assays have provided the framework for large-scale discovery and analysis of DNA sequence variation. In this context, single nucleotide polymorphisms (SNPs) are of particular interest. To initiate a systematic approach to develop an SNP map of barley (Hordeum vulgare L.), we have employed denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC) to analyse segregating SNP patterns in a doubled-haploid (DH) mapping population. To this end, SNPs between the parental genotypes were identified using a direct sequencing approach. Once a SNP was established between the parents, the optimal melting temperature of the PCR fragment containing the SNP was predicted for its analysis by DHPLC. Following the detection of the optimal temperature, the DH lines were analysed for the presence of either of the alleles. To test the utility of the analysis, data from previously mapped RFLP markers from which these SNPs were derived were compared. Results from these experiments indicate that DHPLC can be efficiently employed in analysing SNPs on a high-throughput scale.Key words: denaturing high performance liquid chromatography, doubled-haploid lines, restriction fragment length polymorphism, genetic mapping, molecular markers.Les récents progrès en matière d'analyse de séquences d'ADN et la mise au point de méthodologies à haut débit ont rendu possible l'identification et l'analyse de la variation nucléotidique à grande échelle. Dans ce contexte, les marqueurs SNP (polymorphisme mononucléotidique) présentent un intérêt particulier. Afin d'initier une approche systématique visant la mise au point d'une carte SNP chez l'orge (Hordeum vulgare L.), les auteurs ont employé la chromatographie haute performance en phase liquide dénaturante (DHPLC) pour analyser la ségrégation de SNP au sein d'une population de cartographie constituée d'haploïdes doublés (HD). Pour cela, des SNP entre les génotypes parentaux ont été identifiés au moyen d'une approche de séquençage direct. Lorsqu'un SNP était confirmé, la température optimale de dénaturation de l'amplicon contenant le SNP a été prédite en vue de son analyse par DHPLC. Suite à la détermination de la température optimale, les lignées HD ont été analysées pour la présence de l'un ou l'autre des allèles. Afin de vérifier l'utilité de cette analyse, les données provenant de marqueurs RFLP précédemment cartographiés, et desquels sont dérivés les SNP, ont été comparées aux données obtenues avec les SNP. Les résultats de ces expériences montrent que la DHPLC peut être employée de façon efficace dans l'analyse à haut débit des SNP.Mots clés : chromatographie haute performance en phase liquide dénaturante, haploïdes doublés, polymorphisme de longueur des fragments de restriction, cartographie génétique, marqueurs moléculaires.[Traduit par la Rédaction]
- Subjects
BARLEY genetics; NUCLEOTIDE sequence; HIGH performance liquid chromatography; HAPLOIDY; GENETIC polymorphisms
- Publication
Genome, 2001, Vol 44, Issue 4, p523
- ISSN
0831-2796
- Publication type
Article
- DOI
10.1139/g01-053