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- Title
The specific isolation of complete 5S rDNA units from chromosome 1A of hexaploid, tetraploid, and diploid wheat species using PCR with head-to-head oriented primers.
- Authors
Campenhout, S Van; Stappen, J Vander; Volckaert, G
- Abstract
The presence of 5S rDNA units on chromosome 1A of Triticum aestivum was shown by the development of a specific PCR test, using head-to-head oriented primers. This primer set allowed the amplification of complete 5S DNA units and was used to isolate 5S-Rrna-A1 sequences from polyploid and diploid wheat species. Multiple-alignment and parsimony analyses of the 132 sequences divided the sequences into four types. The isolates from T. aestivum and the tetraploid species (T. dicoccoides, T. dicoccum, T. durum, T. araraticum, and T. timopheevi) were all of one type, which was shown to be closely related to the type mainly characteristic for T. urartu. The other two types were isolated exclusively from the diploid species T. monococcum, T. aegilopoides, T. thaoudar, and T. sinskajae and the hexaploid species T. zhukovski. Triticum monococcum was the only species for which representatives of each of the four sequence types were found to be present. Further, we discuss the possible multicluster arrangement of the 5S-Rrna-A1 array.Key words: Triticum, A genome, PCR markers, 5S ribosomal RNA locus.La présence d'unités répétées d'ADNr 5S sur le chromosome 1A du Triticum aestivum a été démontrée grâce au développement d'un test PCR spécifique faisant appel à des amorces en orientation tête-à-tête. Cette paire d'amorces a permis d'amplifier des unités complètes d'ADNr 5S et a été employée pour isoler les séquences 5S-Rrna-A1 chez des espèces polyploïdes et diploïdes du blé. Des analyses d'alignement multiple et de parcimonie effectuées sur les 132 séquences ont permis de grouper celles-ci en quatre classes. Les isolats du T. aestivum et des espèces tétraploïdes (T. dicoccoides, T. dicoccum, T. durum, T. araraticum et T. timopheevi) formaient une classe qui s'est avérée très apparentée à la classe caractéristique du T. urartu. Les deux autres classes étaient composées de séquences provenant exclusivement des espèces diploïdes T. monococcum, T. aegilopoides, T. thaoudar et T. sinskajae et de l'espèce hexaploïde T. zhukovskyi. Le T. monococcum était la seule espèce au sein de laquelle des séquences appartenant aux quatre classes ont été observées. De plus, les auteurs discutent des groupements possibles des régions 5S-Rrna-A1.Mots clés : Triticum, génome A, marqueurs PCR, locus d'ARN ribosomique 5S.[Traduit par la Rédaction]
- Subjects
PLANT species; WHEAT genetics; EMMER wheat; DURUM wheat; PLANT chromosomes; DNA
- Publication
Genome, 2001, Vol 44, Issue 4, p529
- ISSN
0831-2796
- Publication type
Article
- DOI
10.1139/g01-042