We found a match
Your institution may have access to this item. Find your institution then sign in to continue.
- Title
Lenfoma ve İmmünyetmezliğe Sahip İndeks Olguda Somatik ve Germline Varyasyonların Ekzom Dizi Analizi ile Analizi.
- Authors
Khodzhaev, Khusan; Sarıtaş, Merve; Erbilgin, Yücel; Tuğcu, Deniz; Sayitoğlu, Müge
- Abstract
Amaç: Bu çalışmanın amacı, ailevi kanser yatkınlığı düşünülen ailede tanı ve remisyon örneklerinde tüm ekzom dizilemesi yapılarak "germline" /somatik kanser yatkınlık genlerinin saptanmasıdır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, immün yetmezlik ve DLBCL (Diffuse Large B Cell Lymphoma) kliniğine sahip indeks olgu, immün yetmezlik şüphesi bulunan erkek kardeşi ve akraba evliliği olan ebeveynler dahil edildi. İndeks olgusunun tanı (FFPE) ve remisyon (periferik kan) örneklerinden elde edilen DNA örneğinden tüm ekzom dizlemesi yapıldı. Ham veri BWA ile hg38 referans genoma hizalandı ve GATK [1] ve Vep [2] algoritmaları kullanılarak VCF dosyası oluşturuldu ve annotasyonu yapıldı. Aday gen seçimi için 1000G [3], ExAC [4] ve GnomAD [5] veritanlarında bulunan minör allel frekansı (MAF) sıklığı, korunmuşlık skorları (CADD) [6] ve tahmin araçlarının sonuçları kullanıldı. Ayrıca, aday gen önceliklendirilmesi için PECAN [7] veritabanı da kullanıldı. Bulunan varyasyonların validasyonu Sanger dizileme yöntemi ile yapıldı. Bulgular: İndeks olgunun tüm ekzom verisinde MAF<0.05 olan homozigot ekzonik varyantlar (n=265) incelendiğinde, grubumuzun literatür taraması ile oluşturduğu immün yetmezlik genleri arasında bulunan RAG2 geninde mutasyon bulunduğu tespit edilmiştir. Bu mutasyon Clinvar [8] veritabanında immünyetmezlik ile ilişkili patojenik mutasyon olarak raporlanmaktadır. Ayrıca, literatürde heterozigot durumda kansere yatkınlık oluşturduğu öne sürülen [9] NBN geninin indekste heterozigot, babanın taşıyıcı ve erkek kardeşin yabanıl tipte olduğu tespit edilmiştir. Somatik ekzom verisi incelendiğinde, kanser yolakları ile ilişkilendirilen genlerde aday mutasyonlar tespit edilmiştir. Sonuç: İndeks olguda saptana RAG2 mutasyonu, hastanın immün yetmezliğini açıklamaktadır. RAG2 mutasyonunun lenfomaya yatkınlık ile ilişkisini raporlayan literatür bulunmamaktadır. RAG2 mutasyonunun homozigot olmasına rağmen lenfoma geliştirmeyen erkek kardeşten farklı olarak, indeks olgu kansere yatkınlık adayı olan heterozigot NBN mutasyonu içermektedir.
- Publication
Experimed, 2022, Vol 12, Issue 1, pS17
- ISSN
2667-5846
- Publication type
Article