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- Title
Soybean genomic survey: BAC-end sequences near RFLP and SSR markers.
- Authors
Marek, Laura Fredrick; Mudge, Joann; Darnielle, Laura; Grant, David; Hanson, Nadja; Paz, Margie; Huihuang, Yan; Denny, Roxanne; Larson, Karin; Foster-Hartnett, Dawn; Cooper, Anne; Danesh, Dariush; Larsen, Dana; Schmidt, Tina; Staggs, Rod; Crow, John A; Retzel, Ernest; Young, Nevin D; Shoemaker, Randy C
- Abstract
We are building a framework physical infrastructure across the soybean genome by using SSR (simple sequence repeat) and RFLP (restriction fragment length polymorphism) markers to identify BACs (bacterial artificial chromosomes) from two soybean BAC libraries. The libraries were prepared from two genotypes, each digested with a different restriction enzyme. The BACs identified by each marker were grouped into contigs. We have obtained BAC-end sequence from BACs within each contig. The sequences were analyzed by the University of Minnesota Center for Computational Genomics and Bioinformatics using BLAST algorithms to search nucleotide and protein databases. The SSR-identified BACs had a higher percentage of significant BLAST hits than did the RFLP-identified BACs. This difference was due to a higher percentage of hits to repetitive-type sequences for the SSR-identified BACs that was offset in part, however, by a somewhat larger proportion of RFLP-identified significant hits with similarity to experimentally defined genes and soybean ESTs (expressed sequence tags). These genes represented a wide range of metabolic functions. In these analyses, only repetitive sequences from SSR-identified contigs appeared to be clustered. The BAC-end sequences also allowed us to identify microsynteny between soybean and the model plants Arabidopsis thaliana and Medicago truncatula. This map-based approach to genome sampling provides a means of assaying soybean genome structure and organization.Key words: Glycine max, sequencing, physical map, contig.Les auteurs travaillent à développer une infrastructure physique de référence pour l'ensemble du génome du soja en utilisant des microsatellites (SSR) et des marqueurs RFLP (polymorphisme de longueur des fragments de restriction) pour identifier des BAC (« bacterial artificial chromosome ») en provenance de deux banques de BAC du soja. Les banques ont été préparées à partir de deux génotypes, chacun digéré à l'aide d'une enzyme différente. Les BAC identifiés à l'aide de chaque marqueur ont été groupés en contigs. Les séquences des extrémités des BAC ont été obtenues pour certains BAC au sein de chaque contig. Les séquences ont été analysées au Center for Computational Genomics and Bioinformatics de l'Université du Minnesota en utilisant des algorithmes BLAST pour interroger les bases de données de séquences nucléotidiques et protéiques. Les BAC identifiés grâce aux microsatellites ont produit des scores BLAST significatifs dans une plus forte proportion que les BAC identifiés grâce aux marqueurs RFLP. Cette différence était due à une plus grande fréquence de scores significatifs obtenus pour des séquences de type répétitif avec les BAC identifiés grâce aux microsatellites. En contrepartie, les BAC identifiés à l'aide des RFLP ont produit des scores significatifs avec des gènes définis expérimentalement et des EST (« expressed sequence tags ») du soja dans une plus forte proportion des cas. Ces gènes représentent une vaste gamme de fonctions métaboliques. Dans ces analyses, seules les séquences répétitives provenant des contigs identifiés grâce aux microsatellites ont montré un certain regroupement. Les séquences des extrémités des BAC ont également permis d'identifier des régions de microsynténie entre le soja et les plantes modèles Arabidopsisthaliana et Medicago truncatula. Cette approche d'échantillonnage génomique fondée sur les cartes permet d'étudier la structure et l'organisation du génome du soja.Mots clés : Glycine max, séquençage, infrastructure physique, contig.[Traduit par la Rédaction]
- Subjects
SOYBEAN; PLANT genetics; RESTRICTION fragment length polymorphisms; BACTERIAL chromosomes; GENES; NUCLEOTIDES
- Publication
Genome, 2001, Vol 44, Issue 4, p572
- ISSN
0831-2796
- Publication type
Article
- DOI
10.1139/g01-052