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- Title
Characterization of intronic structures and alternative splicing in Phytophthora sojae by comparative analysis of expressed sequence tags and genomic sequences.
- Authors
Shen, Danyu; Ye, Wenwu; Dong, Suomeng; Wang, Yuanchao; Dou, Daolong
- Abstract
The oomycetes, a distinct phylogenetic lineage of fungus-like microorganisms, are heterokonts (stramenopiles) belonging to the supergroup Chromalveolata. Although the complete genomic sequences of a number of oomycetes have been reported, little information regarding the introns therein is available. Here, we investigated the introns of Phytophthora sojae, a pathogen that causes soybean root and stem rot, by a comparative analysis of genomic sequences and expressed sequence tags. A total of 4013 introns were identified, of which 96.6% contained canonical splice sites. The P. sojae genome possessed features distinct from other organisms at 5′ splice sites, polypyrimidine tracts, branch sites, and 3′ splice sites. Diverse repeating sequences, ranging from 2 to 10 nucleotides in length, were found at more than half of the intron-exon boundaries. Furthermore, 122 genes underwent alternative splicing. These data indicate that P. sojae has unique splicing mechanisms, and recognition of those mechanisms may lead to more accurate predictions of the location of introns in P. sojae and even other oomycete species. Les oomycètes, un lignage distinct de microorganismes de type fongique, sont des hétérocontes (straménopiles) appartenant au supergroupe des Chromalveolata. Même si les séquences génomiques complètes de plusieurs oomycètes aient été rapportées, il n'y a que peu d'information disponible sur les introns. Nous avons étudié ici les introns de Phytophthora sojae, un pathogène responsable de la pourriture des pousses et des racines du soja, par une analyse comparative de séquences génomiques et d'étiquettes de séquence exprimée. Un total de 4013 introns a été identifié, dont 96,6 % contenait des sites d'épissage canoniques. Le génome de P. sojae possède des caractéristiques distinctes de celles d'autres organismes quant aux sites d'épissage en 5′, aux tractus de polypyrimidines, aux sites de branchement et aux sites d'épissage en 3′. Des séquences répétées diverses, allant de 2 à 10 nucléotides de longueur, étaient trouvées dans plus de la moitié des frontières intron-exon. De plus, 122 gènes subissaient un épissage alternatif. Ces données indiquent que P. sojae possède des mécanismes d'épissage uniques et l'identification de ceux-ci pourrait mener à des prédictions plus fiables de la localisation des introns chez P. sojae et même chez d'autres espèces d'oomycètes.
- Subjects
PHYTOPHTHORA sojae; OOMYCETES; XANTHOPHYCEAE; COMPARATIVE studies; NUCLEOTIDE sequence; MICROBIAL genetics; INTRONS
- Publication
Canadian Journal of Microbiology, 2011, Vol 57, Issue 2, p84
- ISSN
0008-4166
- Publication type
Article
- DOI
10.1139/W10-103