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- Title
Centromeric tandem repeat from the chaffinch genome: Isolation and molecular characterization.
- Authors
Saifitdinova, A F; Derjusheva, S E; Malykh, A G; Zhurov, V G; Andreeva, T F; Gaginskaya, E R
- Abstract
A new family of avian centromeric satellites is described. The highly repeated sequence, designated FCP (FringillacoelebsPstI element), was cloned from the 500-bp PstI digest fraction of the chaffinch (Fringilla coelebs L.) genomic DNA, sequenced, and characterized. The FCP repeat was found to have 505–506 bp length of monomer, 57% content of GC, to compose about 0.9% of the chaffinch genome, and to be highly methylated. Results of Southern-blot hybridization of cloned FCP element onto genomic DNA digested with different restriction enzymes, and sequencing directly from total genomic DNA using FCP-specific primers and ThermoFidelase enzyme (Fidelity Systems Inc.) were in agreement with a tandem arrangement of this repeat in the chaffinch genome. Five positions of single-nucleotide polymorphism (SNP) were found in the FCP monomers using direct genomic sequencing. Fluorescence in situ hybridization (FISH) with FCP probe and primed in situ labelling (PRINS) with FCP specific primers showed that the FCP elements occupy pericentric regions of all chaffinch chromosomes. On chromosome spreads, the fluorescent signals were also observed in the intercentromeric connectives between nonhomologous chromosomes. The results suggest that the centromeric FCP repeat is responsible for chromosome ordering during mitosis in chaffinch.Key words: satellite DNA, centromeric heterochromatin, Fringilla coelebs.Une nouvelle famille de satellites centromériques aviaires est décrite. Une séquence très répétitive, désignée FCP (Fringilla coelebsPstI), a été clonée parmi une fraction de fragments de restriction PstI de 500 pb, laquelle fraction avait été préparée à partir de l'ADN génomique du pinson des arbres (Fringilla coelebs L.). Le séquençage et la caractérisation de l'élément FCP a révélé que le monomère comptait 505–506 pb et avait un contenu GC de 57 %, qu'il composait environ 0,9 % du génome du pinson des arbres et qu'il était fortement méthylé. Des analyses Southern, réalisées en hybridant l'élément FCP sur de l'ADN génomique digéré à l'aide de diverses enzymes de restriction, de même que le séquençage direct de l'ADN génomique, à l'aide d'amorces spécifiques de l'élément FCP et de l'enzyme ThermoFidelase (Fidelity Systems Inc.), ont tous deux indiqué que cet élément était répété en tandem dans le génome du pinson des arbres. Cinq positions présentant du polymorphisme mononucléotidique (« single-nucleotide polymorphism », SNP) ont été identifiées parmi les monomères du FCP grâce au séquençage direct de l'ADN génomique. Des hybridations in situ en fluorescence (FISH) utilisant l'élément FCP comme sonde de même que des marquages in situ à l'aide d'amorces spécifiques (« primed in situ labelling », PRINS) ont montré que les éléments FCP occupent les régions péricentriques de tous les chromosomes du pinson des arbres. Lors d'étalements chromosomiques, le marquage fluorescent s'observait également dans les régions intercentromériques liant les chromosomes non-homologues. Ces résultats suggèrent que l'élément FCP est responsable de la disposition ordonnée des chromosomes chez le pinson des arbres.Mots clés : ADN satellite, hétérochromatine centromérique, Fringilla coelebs.[Traduit par la Rédaction]
- Subjects
HETEROCHROMATIN; BIRDS; CHAFFINCHES; MONOMERS; GENOMES; FLUORESCENCE in situ hybridization
- Publication
Genome, 2001, Vol 44, Issue 1, p96
- ISSN
0831-2796
- Publication type
Article
- DOI
10.1139/g00-098