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- Title
Improved detection of motifs with preferential location in promoters.
- Authors
Bernard, Virginie; Lecharny, Alain; Brunaud, Véronique
- Abstract
Many transcription factor binding sites (TFBSs) involved in gene expression regulation are preferentially located relative to the transcription start site. This property is exploited in in silico prediction approaches, one of which involves studying the local overrepresentation of motifs using a sliding window to scan promoters with considerable accuracy. Nevertheless, the consequences of the choice of the sliding window size have never before been analysed. We propose an automatic adaptation of this size to each motif distribution profile. This approach allows a better characterization of the topological constraints of the motifs and the lists of genes containing them. Moreover, our approach allowed us to highlight a nonconstant frequency of occurrence of spurious motifs that could be counter-selected close to their functional area. Therefore, to improve the accuracy of in silico prediction of TFBSs and the sensitivity of the promoter cartography, we propose, in addition to automatic adaptation of window size, consideration of the nonconstant frequency of motifs in promoters. Les sites de fixation des facteurs de transcription (TFBS), impliqués dans la régulation de l'expression des gènes, sont nombreux à être observés à une distance préférentielle des sites de débuts de transcription. Cette propriété est exploitée dans des approches prédictives in silico. Avec une fenêtre glissante parcourant les promoteurs, la recherche de sur-représentations locales de motifs a démontré son efficacité. Néanmoins, les conséquences du choix de la taille de cette fenêtre n'ont jamais été étudiées. Nous proposons une approche qui adapte automatiquement cette taille de fenêtre aux distributions. Cette approche permet de caractériser avec plus de précision les contraintes topologiques des motifs et des listes de gènes les contenant. De plus, l'utilisation de notre approche a mis en évidence que le nombre d'occurrences non fonctionnelles des motifs n'est pas constant et que les motifs pourraient être contre sélectionnés à l'approche de leur région fonctionnelle. Ainsi, pour accroître l'efficacité des approches in silico recherchant des TFBS, nous proposons d'utiliser une taille de fenêtre glissante qui s'adapte à chaque distribution de motif et de considérer la fréquence non constante des éléments dans les promoteurs. Cela conduit à une cartographie des promoteurs étudiés statistiquement plus sensible.
- Subjects
PROMOTERS (Genetics); TRANSCRIPTION factors; BINDING sites; GENETIC regulation; GENETIC transcription; SILICON; BIOLOGICAL adaptation
- Publication
Genome, 2010, Vol 53, Issue 9, p739
- ISSN
0831-2796
- Publication type
Article