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- Title
Bacterial artificial chromosome–based physical map of Gibberella zeae (Fusarium graminearum).
- Authors
Yueh-Long Chang; Seungho Cho; Kistler, H. Corby; Chun-Sheng Hsieh; Muehlbauer, Gary J.
- Abstract
Fusarium graminearum is the primary causal pathogen of Fusarium head blight of wheat and barley. To accelerate genomic analysis of F. graminearum, we developed a bacterial artificial chromosome (BAC)–based physical map and integrated it with the genome sequence and genetic map. One BAC library, developed in the HindIII restriction enzyme site, consists of 4608 clones with an insert size of approximately 107 kb and covers about 13.5 genome equivalents. The other library, developed in the BamHI restriction enzyme site, consists of 3072 clones with an insert size of approximately 95 kb and covers about 8.0 genome equivalents. We fingerprinted 2688 clones from the HindIII library and 1536 clones from the BamHI library and developed a physical map of F. graminearum consisting of 26 contigs covering 39.2 Mb. Comparison of our map with the F. graminearum genome sequence showed that the size of our physical map is equivalent to the 36.1 Mb of the genome sequence. We used 31 sequence-based genetic markers, randomly spaced throughout the genome, to integrate the physical map with the genetic map. We also end-sequenced 17 BamHI BAC clones and identified 4 clones that spanned gaps in the genome sequence. Our new integrated map is highly reliable and useful for a variety of genomics studies. Le Fusarium graminearum est le principal agent pathogène causant la fusariose de l’épi chez le blé et l’orge. Afin d’accélérer l’analyse génomique du F. graminearum, les auteurs ont développé une carte physique à l’aide de clones BAC (chromosomes bactériens artificiels) et ont intégré celle-ci avec la séquence génomique et la carte génétique. Une banque de BAC, dont les inserts ont été clonés dans le site de restriction HindIII et mesurent environ 107 kpb, totalise 4608 clones ce qui correspond à environ 13,5 génomes. Une autre banque, dont les inserts ont été clonés dans le site de restriction BamHI et mesurent environ 95 kpb, compte 3072 clones et offre une couverture équivalant à 8,0 génomes. Les auteurs ont produit des empreintes pour 2688 des clones de la banque HindIII et pour 1536 clones de la banque BamHI. Ils ont ensuite assemblé une carte physique du F. graminearum comprenant 26 contigs totalisant 39,2 Mpb. Une comparaison de cette carte avec la séquence génomique du F. graminearum a montré que la taille de la carte physique est proche des 36,1 Mpb de la séquence génomique. Trente et un marqueurs génétiques de séquence connue, aléatoirement distribués sur le génome, ont été employés pour aligner les cartes physique et génétique. Les auteurs ont également séquencé les extrémités de 17 clones BamHI et identifié 4 clones qui chevauchaient des discontinuités dans la séquence génomique. La nouvelle carte intégrée s’avère très fiable et utile pour toute une gamme d’études génomiques.
- Subjects
CHROMOSOMES; GIBBERELLA zeae; FUSARIUM; BACTERIAL genetics; ENZYMES; WHEAT; BARLEY
- Publication
Genome, 2007, Vol 50, Issue 10, p954
- ISSN
0831-2796
- Publication type
Article
- DOI
10.1139/G07-079